روایت شده در آن زمان که بنی عباس به تعقیب علویون در تمام بلاد ایران پرداختند، حضرت علی بن حمزه علیه السلام به همراه تعدادی از نزدیکان خود جهت یاری عموی خود حضرت امام رضا علیه السلام در سال 220 هـ. ق ( زمان حکومت معتصم عباسی) به شیراز آمد و در جنگی که میان عمال عباسی با حضرت و یارانش در منطقه ارژن نزدیک شیراز در گرفت لشکر حاکم عباسی درفارس ( قلتق خان) شکست خورده و عزیمت نمودند. پس از تجدید قوا عباسیون از تاریکی شب استفاده نموده و به حضرت و همراهانش حمله ور شدند و متأسفانه همراهان حضرت در صحرا پراکنده شدند و برخی هم شهید شدند. 
آنگاه حضرت علی بن حمزه علیه السلام که در این درگیری جراحات سختی برداشته بود در یکی از غارهای کوه شمالی که در آن چشمه آبی نیز وجود داشت به طور مخفیانه زندگی می کرد، می گویند این همان غاری است که بعدها ابن باکویه برای انزوای خود به یمن و برکت وجود مقدس حرم علی بن حمزه علیه السلام که در آن غار زندگی می کرده به عنوان محل زندگی خود انتخاب نموده و امروزه به باباکوهی شهرت یافته است. حضرت با فروش هیزم امرار معاش می کرده و در یکی از روزها که عمال عباسی که در تعقیب حضرت بودند با چهره نورانی و خالی که درصورت حضرت مشاهده کردند او را شناسایی کرده و به عمال عباسی خبردادند و آنگاه که از او پرسیدند نام تو چیست فرمود علی نام پدرش را پرسیدند فرمود حمزه از جد او پرسیدند فرمود موسی. آنگاه عمال عباسی از مرکب پیاده شدند و به حضرت حمله ور شدند، چون حضرت مسلح نبود مأموران عباسی پس از هجوم ناجوانمردانه ایشان را زخمی کردند و سپس سر مبارکش را از بدن جدا نمودند، مورخین در کتب مختلف بخصوص کتاب هزار مزار، کتاب علم انساب ابونصر بخاری و ... و ...
می نویسند حضرت به لطف الهی از جا برخاست و سر مبارکش را برداشت و به راه افتاد و رسید آنجا که مزارش قرار گرفت برزمین افتاد و تا چند روز از لبانش جمله مقدس لا اله الا الله شنیده می شد و اکنون آستان مقدسش زیارتگاه و باب الحوائج حاجتمندان است گویند حافظ از زائران آن حضرت بوده و شعری در وصف حضرت به این مضمون سروده است.
سرآن کشته بنازم که پس از کشته شدن سرخود گیرد و اندر پی قاتل برود.
آنطور که مورخین می نویسند حضرت در سال 190 ه.ق در مدینه متولد شده و در سن 30 سالگی در 23 محرم الحرام سال 220 هـ . ق در شیراز به شهادت رسید. که هر سال محبان اهلبیت علیهما السلام در روز شهادت این بزرگوار در آستان مقدسش به سوگ می نشینند. گفتنی است که تعداد کثیری از مردم کشورهای اطراف بویژه عربستان و امارات و مردم متدین ایران از شمال تا جنوب و از شرق تا غرب به آستان مقدس حضرت جهت رفع گرفتاری و مشکلات خود مراجعه نموده و از لطف خداوند سبحان اکثراً با دست پر این آستان را ترک گفته اند.
پی نوشت : آشنائی من با حرم علی بن حمزه علیه السلام از طریق یک رؤیای صادقه صورت گرفت و اولین بار در خواب حرم ایشان را زیارت کردم سپس با پرس و جو به آدرس آن دست یافتم . برای کسب اطلاعات بیشتر می توانید از وبلاگ حرم علی بن حمزه علیه السلام استفاده نمائید .